上海交大内蒙古研究院成功组织研发完成世界首例双峰驼45K液相育种芯片
发布日期:2024-11-19阅读次数: 198
内蒙古自治区养殖骆驼历史悠久,是全国双峰驼主产区之一,驼肉驼奶等特色产业蓬勃发展,已成为支撑地方发展,助力农牧民增收致富的重要产业,具有极大的发展潜力。
但骆驼产业整体起步较晚,大部分处于野生放牧状态,选种选配仍以表型为主,生产力水平极低,双峰驼平均产乳量仅为1kg/d,难以满足快速增长的市场需求,亟待借助现代育种技术,加速遗传改良的进程和效率,为产业发展提供科技支撑。
自2020年起,研究院围绕骆驼遗传育种、繁殖发育、营养饲料和疫病控制等方向,着力从根本性解决骆驼生产性能低的难题出发,支持上海交通大学孟和教授团队深入一线,先后开展《动物检测生物芯片的创制和应用》《戈壁红驼繁育及疫病防控关键技术研究》《内蒙古戈壁红驼产业基本问题研究》等科研项目,历经四年,经过数次实验论证,双峰驼45k液相育种芯片成功研发并于近日发布。
双峰驼45k液相育种芯片基于前期构建的双峰驼高精度基因组参考序列图谱,并通过全基因组关联分析(GWAS)鉴定获得泌乳性状有效分子标记,为双峰驼育种、双峰驼种质资源研究和保护提供了更高效、更精准的检测新工具,对建立我国自主可控的骆驼基因组选择育种体系,开展双峰驼生物学研究和种质创新具有重要意义。
芯片以深厚的骆驼基因组学研究为基础,参考课题组最新构建的T2T基因组序列图谱以及戈壁红驼、阿拉善双峰驼、苏尼特双峰驼、青海骆驼、新疆塔里木双峰驼、新疆准噶尔双峰驼、单峰驼等多个品种基因组重测序数据,信息来源广泛,具备极高的科研参考价值。
芯片基于靶向测序基因型分型技术捕获基因组的标记信息,并利用二代测序对目标区段进行深度测序。能够快速、高效、低成本的检测和挖掘高质量、高精度的基因变异信息,加速畜禽育种的遗传学分析进展。
高密度基因组分子标记,对芯片上的目标位点及其周围SNP位点进行分型,45K的芯片高质量的SNP,相比于传统的固态芯片,每个位点的平均分型成本更低,可以实现骆驼的大规模分型检测。
丰富的候选基因功能位点,以深厚的骆驼基因组学研究为基础,筛选聚焦骆驼乳生产性状等性状显著相关的位点49个,增加了利用该芯片进行相关研究的准确性。